Organizacijska struktura ZIRS je določena z Aktom o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest v Zdravstvenem inšpektoratu Republike Slovenije, št. 001-5/2004-02200, z dne 01.03.2004, s spremembami in dopolnitvami. Navedeni akt je stopil v veljavo s 01.04.2004.

ZIRS ima 12 notranjih organizacijskih enot:
- Sektor za strategijo, metodologijo in planiranje,
- Služba za organizacijo, kadre in finančne zadeve,
- Služba za informatiko in kakovost,
- Območna enota Celje,
- Območna enota Dravograd,
- Območna enota Koper,
- Območna enota Kranj,
- Območna enota Ljubljana,
- Območna enota Maribor,
- Območna enota Murska Sobota,
- Območna enota Nova Gorica in
- Območna enota Novo mesto.